大公司使用自己的考勤系统的原因主要有以下几点：

1. 定制化需求：大公司规模大，业务流程、部门组织等复杂多样，通用的考勤系统可能不能满足其定制化需求。自建考勤系统可以更好地适应公司的业务需求和管理方式。

2. 安全性更高：大公司业务重要性和数据价值高，采用自己的考勤系统可以更好地保障数据的安全性，防止敏感数据泄露。

3. 成本控制：采用自己的考勤系统可以避免购买其他厂商的软件或服务费用，并且可以有效降低运维成本，合理控制公司成本。

4. 提升效率：自建考勤系统可以更好地与公司的其他管理系统打通，实现信息共享和数据集成，提升工作效率和数据分析能力。

5. 优化管理：自建考勤系统可以更好地与公司的绩效考核、薪酬管理等管理体系结合，实现全面的人力资源管理，为公司管理决策提供更准确的数据支持。

因此，自建考勤系统对于大公司来说，具有专业化、安全性高、成本控制和信息化优化等方面的优势，也是大公司人力资源管理中的一项重要工具