截至2016年4月，中国中医科学院下设17个科研单位（包括14个研究所），6家医疗机构，3家教育单位，2家分院，5家学术、出版单位，3家挂靠单位。

　　科研单位（研究所）：中药研究所、针灸研究所、中医基础理论研究所、中医药信息研究所、中国医史文献研究所、中医临床基础医学研究所、第yi临床医药研究所、第二临床医药研究所、临床药理研究所、老年医学研究所、心血管病研究所、眼科研究所

　低价转让现有资源

北京书画院

北京工程技术研究院

北京工程技术院

北京工程设计院

北京文化艺术院

北京设计院

山东教育培训研究院

山东经济文化研究院

山东科技研究院

北京中医院

北京中医研究院

北京工程技术研究院有限公司

科研单位（研究中心）：医学实验中心、中药资源中心、中医药数据中心

　　医疗机构：西苑医院、广安门医院、望京医院、眼科医院、针灸医院、中医门诊部

　　教育单位：研究生院、中国中医科学院培训中心、北京国际针灸培训中心

　　分院：中国中医科学院江苏分院（江苏省中医药研究院）、中国中医科学院广东分院（广东省中医院）

　　学术、出版单位：中国中医科学院图书馆、中国医史博物馆、中国针灸博物馆、中医杂志社、中医古籍出版社

　　挂靠单位：世界针灸学会联合会、中国针灸学会、中国中西医结合学会