1、两者所使用的发票有所不同。
通常情况下，作为小规模的纳税人，他们往往与增值税专用发票无缘，而只能使用比较常见的普通发票。

2、两者在收取到发票之后，进行账务处理时又存在一定的差别。
按照通常的情况来分析，大规模企业的纳税人在进行账务处理时，只需要按照一部分的成本缴纳税收，而作为小规模纳税人，则需要按全部的成本来计算纳税额。

3、这两者在税率方面也有所差别。
大规模的企业在纳税时，税率相对来说会高一些，至于小规模的企业，纳税的税率要低一些。