巴旦木定植当年定干，第二年后开始整形，可采用疏层形或自然开心形整枝，主干高度50～70cm。疏层形上留主枝5～7个，分为2～3层。开心形上留主枝3～4个，每隔10～20cm左右在主干上交错配置，主枝间方位角90～120度。在主干上除主枝外，其它枝条只要不太密可摘心保留，以促使主干加粗生长。巴旦木的修剪量较轻，冬季修剪和夏剪配合进行**。修剪方式与杏相似，幼龄树以轻剪缓放为主，结果枝组适当短剪回缩。对各级骨干枝的延长枝按需要长度进行短剪，对徒长枝、枯枝、病虫枝及过密枝加以疏除。对盛果期树的修剪以疏剪为主，适当进行短截，注意保留较多的中、短果枝，加强结果枝组的培养和更新。