优惠1：分线管理政策

根据此前颁布的《横琴总体发展规划》，所谓“分线管理”，即对现有的横琴口岸功能进行调整，实施“人员、交通运输工具和货物的进出境查验功能分开，人员和交通工具的通关仍按目前通关模式运作放在一线查验，货物的进出境查验功能后移至“二线”。
具体而言：横琴与澳门之间的口岸设定为“一线管理”（现横琴口岸）。一是对进出境人员查验，与目前查验模式一致；二是对进出境交通运输工具，粤澳两地牌照车辆维持现行进出境查验模式，澳门牌照车辆由广东省政府根据国务院授权与澳门特区政府签订相关协定可进出横琴岛，jinxian在横琴岛内行驶；三是对进出境货物采用报备制，不再承担报关、报检查验功能。横琴与内地之间设定为 “二线管理”（新设立通道），主要承担货物的进出境报关、报检等查验监管功能，并承担对人员携带的行李物品和交通运输工具载运的货物的检查功能。
优惠2:15%企业的所得税
针对横琴自贸区的企业，凡属横琴《优惠目录》内产业的企业，主营业务收入占企业收入总额70%以上，将按15%的税率征收企业所得税。据了解，《优惠目录》共五大类72条，其中包含高新技术类37条、医药卫生类13条、科教研发类10条、文化创意类5条及商贸服务类7条。
优惠3：港澳居民个税补贴
在横琴工作的港澳居民享受与港澳地区同等的个人所得税，对个税差额给予全额补贴，同时补贴部分还将免征个人所得税。
优惠4：人才政策
横琴自贸区属于全国人才管理改革示范区，根据区内特殊人才实际贡献，在签证、居留、居住、医疗、配偶就业、子女入学、住房补贴等方面给予相应奖励。
优惠5：企业监管政策
在横琴自贸区，将实施“准入前国民待遇负面清单”的外商投资管理模式，负面清单以外的领域则实行备案管理。同时，还实施内地在广东与港澳基本实现服务贸易自由化的协议，进一步取消和放宽对港澳投资者的资质要求、股比限制、经营范围等准入限制。除此之外，还出台了市场主体违法经营行为（工商行政管理类）提示清单。
优惠6：金融政策
横琴自贸区率先启动本外币兑换特许机构刷卡兑换业务，对外首发银联多币种IC卡。同时，还鼓励开办和推广知识产权、收益权、收费权、应收账款质押融资，大力发展租赁融资，推广非现金支付工具特别是电子支付工具。