上海企业电子公章申请流程如下：
1. 在“电子营业执照”软件中，点击首页“其他应用”，选择“电子印章-领取印章”。
2. 选择需要领取电子印章企业对应的电子营业执照，并进行验证。
3. 验证通过后，选择“下载印章”。
4. 跳转印章领取页面，点击“领取印章”，领取成功后将展示该企业的电子印章。法定代表人是电子印章的默认领取人。电子印章的领取由法定代表人通过手机等移动终端完成。
以上就是上海企业电子公章的申请流程，希望可以帮助到您。