医疗器械的注册代办费用因不同服务机构、申请的复杂程度、涉及的具体流程和文件要求等因素而有所不同。对于代办甲型流感病毒抗原检测试剂盒这类三类进口医疗器械的注册，费用可能包括以下方面：

文件准备费用：准备所需的技术文件、质量管理文件、临床试验数据等费用，这些文件需要完整、详尽地描述产品的性能、特点、安全性等。

审核和评审费用：包括向监管机构提交申请时所需缴纳的官方费用，以及可能涉及的审核、评审和可能的现场考察费用。

代办服务费：服务提供商为代表申请人完成整个注册过程而收取的费用，这可能包括咨询服务、文件准备、审核协助等。

其他可能的费用：有时还可能包括咨询、法律咨询、翻译服务等其他相关费用。

具体的费用会因服务提供商、项目要求、复杂性和所需文件的数量等因素而有所不同。因此，好是联系多家的医疗器械注册代办机构，了解他们的服务内容和收费标准，然后根据您的具体需求选择适合的服务商。费用也可能受到市场竞争、服务商水平等因素的影响。

医疗器械注册的费用是一个综合成本，考虑到了从申请前的咨询到申请过程中的各个步骤所需的服务和支持。确保代办注册机构的合法性和资质也非常重要。