三类进口医疗器械甲型流感病毒抗原检测试剂盒的代办注册涉及到一系列程序和步骤。一般来说，代办注册这类医疗器械需要遵循以下流程：

准备材料和文件：首先，需要准备符合规定的申请文件和资料，包括技术文件、质量管理文件、临床试验数据等。这些文件需要完整、详尽地描述产品的性能、特点、安全性等。

委托注册代理机构：选择并委托合格的注册代理机构，他们将协助您准备申请文件、指导您通过注册过程、并代表您与监管机构进行沟通和协商。

申请提交：通过注册代理机构，将准备好的申请文件提交给中国国家药品监督管理局（NMPA）进行审核。

技术评审：NMPA会对提交的申请文件进行技术评审，验证文件的完整性、符合性和产品的安全性等。

现场审核：针对某些产品，NMPA可能会安排现场审核，对生产制造地点进行实地检查，以确保生产工艺符合要求。

注册批准：通过审核后，如果满足相关标准和规定，NMPA会颁发医疗器械注册证书，允许该产品在中国境内合法销售和使用。

代办注册的价格因服务提供商、申请复杂度、文件数量和所需质量等因素而有所不同。一般包含咨询服务费、文件准备费、审核费用、现场审核费用以及代办服务费等。费用也可能受到市场竞争、服务商水平等因素的影响。

咨询多家医疗器械注册代办机构，了解他们的服务内容和收费标准，然后选择适合您需求的服务商。记住，确保代办注册机构的合法性和资质是十分重要的。