申请LED光子治疗仪作为二类医疗器械的生产许可证需要按照特定的流程和规定，与国家药品监督管理局（NMPA）或相关监管机构合作，或委托的医疗器械代理公司进行申请。以下是可能涉及的主要步骤：

1. 准备申请资料和文件

收集和准备所需的技术文件、质量管理体系文件、生产工艺流程、设备清单等。这些文件需要详细描述产品和生产过程的各个方面。

2. 委托代理机构（可选）

如果您选择委托医疗器械注册代理公司，与代理机构合作，让他们指导您的申请流程，并提供所需的技术支持和咨询服务。

3. 申请提交

将准备好的申请文件提交给NMPA或相关监管机构，根据其要求填写并提交相关的申请表格和文件。

4. 审核和评估

监管机构将对申请进行审核和评估，包括对技术文件、质量体系和生产工艺的检查和评估。可能需要进行现场审核。

5. 跟进和响应

根据监管机构的要求，及时响应审核过程中可能提出的问题和需求，配合审核工作。

6. 审批和颁证

审核通过后，监管机构将颁发生产许可证。这是您合法生产LED光子治疗仪的凭证。

7. 持续合规维护

获得许可证后，需要持续遵守相关的法规和标准，保持产品和生产过程的合规性。

在申请生产许可证时，要确保准备充分的文件和资料，并且遵循监管机构的要求。有时候，申请过程可能会复杂且时间较长，寻求法律和合规咨询，以确保顺利获得许可证。