甲型流感病毒抗原检测试剂盒作为三类进口医疗器械，在办理许可证时通常需要遵循以下流程：

准备申请资料：

收集产品相关的技术资料、质量管理文件、临床试验数据等。确保文件完整、详尽地描述产品的性能、特点、安全性等。

选择合适的注册代理机构：

选择并委托合适的注册代理机构或服务机构协助申请。他们将协助您准备申请文件、指导您通过注册过程，并代表您与监管机构进行沟通和协商。

提交申请：

通过注册代理机构，将准备好的申请文件提交给中国国家药品监督管理局（NMPA）或当地相关监管机构进行审批。

技术评审：

NMPA会对提交的申请文件进行技术评审，验证文件的完整性、符合性和产品的安全性等。

现场审核：

针对某些产品，NMPA可能会安排现场审核，对生产制造地点进行实地检查，以确保生产工艺符合规定。

许可证颁发：

审核通过后，NMPA会颁发医疗器械三类进口许可证，允许该产品在中国境内合法销售和使用。

医疗器械许可证的申请流程和具体要求会因地区而异。在中国，医疗器械的注册和监管由国家药品监督管理局（NMPA）负责。因此，如果您打算在中国申请三类进口医疗器械许可证，请与当地的机构或代理商联系，了解详细的流程和具体要求，以确保您的产品合法进入中国市场。