三类进口医疗器械软组织超声手术仪的许可证办理流程会因国家或地区的监管机构和法规而有所不同，但通常包括以下一般步骤：

确定许可证类别：

首先，确定您的软组织超声手术仪属于哪种许可证类别，根据当地法规的分类，通常为三类医疗器械。

申请前准备：

准备必要的文件和信息，包括产品规格、性能验证数据、安全性和有效性数据、质量管理体系文件等。

选择代办公司（可选）：

根据需要，您可以选择一家经验丰富的代办公司，协助您处理许可证申请。

申请填写：

填写医疗器械许可证申请表格，提交必要的文件和信息。

技术文件审核：

监管机构可能会审核您的技术文件，以确保其符合法规要求。

质量管理体系认证：

如果适用，确保您的公司符合质量管理体系标准（如ISO 13485），并获得相关认证。

申请提交：

向监管机构递交许可证申请，通常需要支付相应的申请费用。

审核和评估：

监管机构可能会对您的申请进行审核和评估，包括文件审核和可能的现场检查。

审批和发证：

一旦监管机构认为您的申请符合要求，他们将批准您的许可证，并颁发许可证。

持续合规：

一旦获得许可证，您需要持续遵守法规和标准，包括质量管理、产品标签和使用说明等。

请注意，这些步骤是一般性的指南，具体的流程和要求会因国家或地区而异。因此，建议与当地的医疗器械监管机构联系，获取详细的指导和要求。在处理医疗器械许可证申请时，与顾问或代办公司合作，以确保申请过程顺利，并满足适用的法规和标准。