在佛山高明区注册餐饮店办理食品经营许可证的流程如下：

1、首先，需要在佛山高明区的市场监督管理局进行注册餐饮店的营业执照，并确保店铺名称符合相关规定。

2、在注册执照完成后，需要进行环境卫生检查。请确保餐饮店的环境、设备和设施符合卫生要求，如有需要进行改善。

3、准备以下材料后，将申请材料提交给佛山高明区的市场监督管理局：营业执照复印件、法定代表人身份证复印件、餐饮店经营场所租赁合同复印件、餐饮店环境卫生平面布局图、食品安全管理人员培训合格证书复印件、其他相关材料（如经营者的健康证等）

4、市场监督管理局将进行申请材料的审核，并进行现场核查。他们会核实您的申请材料和餐饮店的实际情况是否符合相关规定。

5、如果审核通过，佛山高明区的市场监督管理局将发放《食品经营许可证》给您的餐饮店。

办理食品经营许可证的时间因具体情况而有所不同。通常来说，整个流程可能需要1个多月的时间。期间可能还需要进行环境卫生检查、审核审批等程序。具体办理时间请咨询佛山高明区的市场监督管理局或专业的食品经营许可证代理公司。请提前规划好时间并做好准备。