食品经营许可证的办理流程如下：

前期需花费足够的时间整理好相关申请资料；

准备好资料后在网上或者到窗口提交申请；

在网上或窗口申请通过之后，相关部门会组织人员开展经营场所现场核查；

现场核查合格后，领取食品经营许可证。