根据《深圳经济特区商事登记若干规定》《深圳经济特区商事主体经营异常名录管理办法》，深圳公司被纳入经营异常名录主要有两种情况：

1.在深圳注册的公司年报逾期未申报。企业自成立周年之日起两个月内（滚动年报时间），海关备案企业和外商投资企业，则每年1月1日到6月30日，自行的登录年报公示系统提交年报信息，逾期未报的深圳各区工商管理部门公告未申报的企业，公示期为10天，期间还未补申报，则列入经营异常名录。

2.深圳公司通过登记的住所或经营场所无法联系。深圳市场监督管理局会发联系函到企业的注册地址，或者通过电话的形式联系企业，未能联系的或者函件无人签收的，视为失联列入经营异常名录。

两种情况符合的会同时在深圳企业异常信息提示，另外每年深圳市场监督管理局会对全市的企业开展随机抽查，主要抽查深圳注册的公司即时信息公示情况以及检查深圳公司、个体工商户年报信息的真实性、准确性，一旦发现虚假申报隐瞒真实情况的，直接列入经营异常名录。