在选择二类医疗器械便携式超短波治疗仪产品的代办注册方式时，考虑以下因素可能会有所帮助：

代办公司的信誉和经验：选择有良好信誉和丰富经验的代办公司很重要。可以通过查询客户评价、了解其历史记录和成功案例等方式来评估其可靠性。

服务：选择能够提供全方位服务的代办公司，包括文件准备、技术支持、临床试验（如果需要）以及与国家药监局的沟通和协商等。

价格和费用：比较不同代办公司的收费标准，明确各项服务的费用和包含内容。确保明白所支付费用所覆盖的服务内容。

服务内容和承诺：与代办公司详细沟通，了解他们的服务内容，包括是否提供一站式服务、代办过程中的具体步骤和时间安排等。

沟通和支持：代办公司的沟通和支持能力很重要，了解他们在注册过程中的沟通方式和支持程度，确保能够及时获得所需信息和支持。

公司口碑和推荐：咨询其他企业或同行业人士，了解他们对不同代办公司的评价和推荐情况，可以更好地评估选择。

合同条款：在选择代办公司之前，确保仔细阅读并理解合同条款，确保代办过程中的权益和责任都清晰明确。

终选择代办公司时，需要综合考虑以上因素，并确保与代办公司之间建立良好的沟通和合作关系，以便顺利完成医疗器械的注册过程。