磷酸化蛋白组的研究内容中，位点分析是zuì重要的一个环节。不同磷酸化位点在生物学进程和分子功能上有不同的生物学意义。
由于大多数磷酸化蛋白都有多个磷酸化位点，而且其磷酸化位点是可变的，所以对单一磷酸化蛋白质进行研究的传统方式，例如磷酸化抗体验证的方法显然不能满足磷酸化蛋白组的研究的多样性和复杂性，大分子生物质谱成为磷酸化蛋白鉴定zuì常用的技术手段。
如何查找质谱结果中的磷酸化位点？质谱结果zuì终以质荷比-离子强度质谱图的形式展现，相较于没有发生修饰的蛋白，磷酸化会导致特定序列分子量增加特定的值（+79.966），若在质谱检测过程中发现其中的部分肽段的分子量刚好增加了一个磷酸根的分子量，就假设这个肽段发生了磷酸化修饰，再通过二级质谱图进行二次确认。除去由于磷酸化蛋白往往丰度较低，对磷酸化蛋白组需要进行酶解后样品的富集之外，在质谱实验和后期数据分析也十分关键。串联质谱中，应该选择能够保证产生尽可能多的二级碎裂的对应母离子碎裂模式和方法，尽可能多地保留磷酸化基团在碎片离子上。在数据分析中，应该确定磷酸化肽的序列以及修饰位点，鉴定的假阳性率和可信度也是重要参考指标。
可以从质谱方法和分析软件这两个方面对磷酸化位点置信度进行分析。毫无疑问，提高磷酸化肽段的鉴定效率zuì有效的采用高分辨的串联质谱。另外，磷酸化肽的可信度和位点的鉴定可以通过增加二级碎片离子的数量来提高，所以采用多种互补的碎裂模式可以实现这一点。
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