食品备案和食品经营许可证不一样。
食品小经营店备案证是各地针对“三小”（即食品小作坊、小经营店和小摊点）分布广、规模小、数量多，在方便百姓生活的同时也存在一定的安全隐患情况下，加强实施管理备案证。小经营店经营者提出经营的，需要申领小经营店登记证，此前已取得的食品经营许可证（餐饮服务许可证、食品流通许可证）在有效期内的，不需要申领小经营店登记证（当事人申请变更的除外）。登记证、备案卡也就是“三小”的“身份证”。
食品经营许可证也可称餐饮服务许可证，是单位和个人从事食品生产经营活动，经卫生行政部门审查批准后，发给的餐饮服务许可证。根据2010年07月28日卫生部印发的《餐饮服务许可管理办法》，任何单位和个人从事食品生产经营活动，应当向卫生行政部门申报，并按照规定办理餐饮服务许可证申请手续；经卫生行政部门审查批准后方可从事食品生产经营活动，并承担食品生产经营的食品卫生责任。地方人民政府卫生行政部门遵守本办法，对食品生产经营者发放餐饮服务许可证。食品添加剂、保健食品和新资源食品生产企业生产活动的卫生许可，由省级卫生行政部门发放卫生许可证。
食品小经营店备案证和食品经营许可证有许多不同：
1、针对对象不同。
食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动。
2、适用法律法规不同。
食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理办法》，为国家法律法规。
3、扮演身份不同。
小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。
法律依据：
《食品经营许可管理办法》
第十一条 申请食品经营许可，应当符合下列条件：
（一）具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；
（二）具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；
（三）有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度；
（四）具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；
（五）法律、法规规定的其他条件。