便携式超短波治疗仪作为二类医疗器械的注册流程通常包括以下步骤：

准备申请资料：

公司资质文件：包括企业营业执照、生产许可证等。

产品技术文件：产品的设计图纸、技术规格、性能测试报告等。

质量管理体系文件：质量手册、SOP等。

申请表填写：

填写并提交医疗器械注册申请表格，确保信息准确无误。

技术评估：

国家药监局对提交的申请文件进行技术评估，确认产品技术性能、安全性、有效性等。

现场审核：

可能进行企业的现场审核，核实生产过程、质量管理体系、设备等是否符合标准。

临床试验（如果适用）：

如果产品需要进行临床试验，需提交并进行相关试验，并提供试验结果报告。

审批：

经过审查和评估后，国家药监局对申请进行终审批决定，是否颁发医疗器械注册证书。

这是一个大致的注册流程，具体流程可能根据产品类型、技术复杂性和监管政策的变化而有所不同。在申请过程中，建议与医疗器械注册代办公司合作，他们有丰富的经验，可以指导整个注册流程，并确保申请的顺利进行。