蛋白质是由氨基酸组成的有机生物大分子，一切生命活动都离不开蛋白质，其在体内的动态变化过程（如种类和含量的变化）揭示了生命活动的变化过程。定量蛋白质组学就是对一个体系内所有蛋白质含量进行jīng确地鉴定，以揭示某项生命活动的本质。定量蛋白质组学技术可分为标记（iTRAQ等）和非标记（Label Free）两类。
iTRAQ
iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation)是一种基于标签的蛋白质定量技术，中文名称为同位素标记相对和jué对定量。iTRAQ技术通过同位素标记来实现蛋白质定量研究，其基本的原理为：将水解得到的蛋白质多肽N末端或赖氨酸侧链基团用同位素试剂标签标记，再将该混合物进行高jīng度串联质谱分析，根据信号峰强度等质谱信息实现对样品蛋白的定量和定性分析。
iTRAQ含有8种不同的试剂标签，可同时对多达8个样品进行鉴别和定量；该技术在体外对样品蛋白进行标记，检测范围广，jīng确度高，理论上可用于对所有物种的胞内、胞外蛋白质进行定量分析。
Label Free
Label Free是一种非标记蛋白质定量技术。Label Free基于液相色谱串联质谱（LC MS/MS），对蛋白酶解肽段的质谱分析数据，如质谱分析次数、质谱峰强度、不同来源样品蛋白的数量对样品蛋白质进行相对定量。
Label Free无需使用昂贵的试剂标签就可以对样品进行高通量的定量分析，投入产出比较高，在鉴定翻译后修饰蛋白质时，Label Free也避免了由试剂标签导致的样品蛋白发生的结构上的变化，减少了实验条件带来的误差。但是Label Free在富集肽段时是分开进行的，样品之间没有进行混合，容易造成质谱重复性低，从而影响结果的准确性。
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