医用电子加速器注册证办理需要经过以下步骤：

确定适用的标准和法规：医用电子加速器出口到不同的国家和地区，需要满足相应的标准和法规要求。因此，需要确定适用于目标市场的标准和法规，例如CE认证、FDA认证等。

进行临床试验和风险评估：在完成设计和制造后，需要进行临床试验以验证产品的有效性和安全性。同时，还要进行风险评估，以确保产品在使用过程中不会对患者的健康造成危害。

提交注册申请：将产品提交给所在地的医疗器械监管部门或认证机构，并按照要求填写《医疗器械注册申请表》。

审核与批准：监管部门或认证机构会对提交的资料进行审核，并决定是否批准注册申请。如果产品符合要求，则会颁发相应的注册证书。

生产许可证办理：如果企业计划生产医用电子加速器，还需要向所在地药品监督管理部门申请生产许可证。

持续符合性：获得注册证书和生产许可证后，需要确保产品持续符合标准和法规要求，并定期进行检测和维护。