选择内窥镜LED冷光源二类医疗器械代办的方式应该基于多个考量因素：

经验： 代办公司应该具有丰富的医疗器械注册经验，尤其是针对类似内窥镜LED冷光源的产品注册。他们应该了解当地的监管要求，并有成功的案例经验。

服务范围： 确保代办公司提供的服务能够满足你的需求，包括文件准备、技术评估、审批流程协助、临床试验支持等方面。

可靠性和信誉： 寻找有良好声誉和可靠性的代办公司，可以通过参考客户评价、案例研究、推荐或行业口碑等方式来确认。

成本和费用： 费用是重要因素之一，但不应仅仅以价格来选择代办公司。需要了解其收费标准，包括文件准备、服务费用以及可能的额外费用，确保其服务与费用之间的平衡。

沟通与支持： 与代办公司的沟通和支持也是很重要的。确保代办公司能够及时回应你的问题，提供必要的支持和指导。

本地化考量： 考虑选择本地或了解当地市场和法规的代办公司。他们可能更了解当地的监管流程和要求，能够更快速地应对可能出现的问题。

透明度与合作： 选择代办公司时，确保他们提供透明的工作流程和合作协议，明确责任和工作范围，以确保合作的顺利进行。

在选择代办公司之前，咨询多家公司，了解他们的服务内容、收费标准、成功案例和客户评价等信息。这样有助于做出综合考虑，选择适合你需求和预算的代办公司。