比较蛋白质组又称差异蛋白质组，是指两个样本间存在表达差异的蛋白质组。比较蛋白组学（comparative proteomics）即差异蛋白质组学旨在寻找和鉴定不同条件或状态下（如不同的外界刺激、不同的生长时期等）实验组和对照组样品存在差异表达的蛋白质组。
蛋白质作为生命活动的物质承担者调节各种生理活动，其在机体内的种类和含量并不是一成不变的，而是处于动态变化中的，以适应生命体的各种生长变化。对这类蛋白质的表达水平进行研究，即比较（差异）蛋白质组研究，通过比较分析不同状态下或近似物种间蛋白质的表达图谱，对体系内代谢调控进行动态监测，寻找各种因素引起的蛋白质表达差异可以揭示机体对内外界环境变化产生反应的本质规律，解释细胞生理和病理机制如：细胞调控机理、细胞应激反应途径等。
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