互联网药品信息服务资格证书是由国家药品监督管理局（现已更名为国家药品监督管理局）负责颁发的。申请人需要通过该局认定的第三方评审机构进行评审并获得资格证书。

具体来说，申请人需要先完成业务准备工作，包括建立规范的互联网药品信息服务平台、制定合规的操作规程、聘请符合要求的专职人员等。之后，可以选择向国家药品监督管理局认定的第三方评审机构提交申请，并提供相关申请材料和资料。评审机构会对申请材料进行审核和评估，如符合相关标准和规定，则颁发互联网药品信息服务资格证书。

需要注意的是，申请人在申请过程中需要严格遵守相关规定和要求。如果申请被驳回或者证书被吊销，将会受到相应的处罚和法律责任。因此，建议申请人在申请前充分了解相关规定，选择合规的评审机构并完成准备工作，以确保申请的成功。