代办公司上海市股权变更应该按照下列程序进行实际操作：

首先要领到《公司变更登记申请表》(工商管理局办理证件服务厅对话框领到)。

变更营业执照(填好企业变更报表，盖公章，梳理企业公司章程、股东会议决议、股权转让合同、企业营业执照正本到工商局办理证件服务厅申请办理)。

变动营业执照副本复印件(填报公司机构代码证变动报表，盖公章，梳理企业变更通知书、营业执照副本复印件、公司法人身份证扫描件、旧机构代码证正本到质量监督局申请办理)。

变更税务登记证(持税收变更通知书到税务机关申办)。

变动银行账户信息(持金融机构变更通知到基本上开户行申请办理)。

在申请公司股权转让时，还要注意以下几点：

股权转让合同务必标明股份由谁来出让给谁，股份和负债一并出让，出让人和被转让方签名。

过户税费担负需要在股权转让合同中列明。

出让方假如是企业，必须查验公司是否注销或未年检，假如是注销情况，必须清除注销再申请办理公司股权转让，假如是未年检情况，需办理年审并公示。

出让方假如假如是本人，必须查验本人身份证，影印件，假如身份证是外地来的，必须到辖区派出所开具证明。

总而言之，在申请上海市股权变更时，提议结合实际情况来操作，以确保操作真实有效。