医疗器械许可证的办理方式如下：
1. 经营企业经办人携带医疗器械经营企业许可申请表、资格证明、营业执照或企业名称预先核准证明文件复印件前往所在地设区的市级人民政府食品药品监督管理部门申请经营许可。
2. 工作人员受理资料，并于30个工作日内进行审查，必要时组织核查。
3. 对符合规定条件的，准予许可并发给医疗器械经营许可证；对不符合规定条件的，不予许可并书面说明理由。