办理北京医疗器械三类经营许可证需要以下步骤：

1. 申请人需要先进行企业注册，并获得营业执照。

2. 申请人需要准备并提交相关的资料，包括企业资质证明、法人代表身份证明、医疗器械经营资格证明等。

3. 申请人需要向北京市食品药品监督管理局提交申请材料，申请材料需要按照相关规定进行排版、打印，同时还需要将申请表格填写完整，并加盖公章。

4. 北京市食品药品监督管理局会对所提交的资料进行审核，审核通过后会进行现场核查。

5. 北京市食品药品监督管理局核查通过后，会颁发北京医疗器械三类经营许可证。

需要注意的是，申请人需严格按照相关规定进行办理，确保申请材料的真实性和完整性，否则会影响到申请的成功。