申请医疗器械经营许可证（一类、二类、三类）后，可以通过以下几种方式查询审批进度和结果：

在线查询系统：

大多数地区的食品药品监督管理部门都提供了在线查询系统，申请人可以通过输入申请编号或个人信息，查询申请的审批进度和结果。这是最常用和便捷的查询方式。

电话咨询：

直接拨打当地食品药品监督管理部门或相关部门的客服热线，咨询申请的审批进度和结果。通常可以通过电话即时获取到最新的申请状态信息。

邮件或信函查询：

如有必要，申请人可以通过邮件或信函的方式向监管部门提交查询申请审批结果的请求。在信函中需提供申请相关的详细信息，并留下联系方式以便监管部门回复。

现场查询：

如果条件允许，申请人可以直接前往当地的食品药品监督管理部门办公地点，进行现场咨询和查询。这种方式可以直接与工作人员沟通，获取详细的申请进度和结果信息。

查询时需注意事项：

确保查询信息的准确性和及时性，提供正确的申请编号或个人信息，以免影响查询结果的准确性。

在查询过程中，可能需要提供申请时所使用的其他证明文件或信息，以便监管部门进行核实和查询。

如果查询结果显示需要补充材料或处理其他事项，请及时响应和配合监管部门的要求，以加快审批进度。