在吉尔吉斯斯坦注册公司时，可以选择以下几种主要的公司形式：

1. 有限责任公司（LLC，或称ООО）：

   - 最常见的公司类型，适用于多数商业活动。

   - 股东的责任限于其投资额，对公司债务不承担个人责任。

   - 需要至少一个股东和一个董事，股东和董事可以是外国人。

2. 股份有限公司（JSC，或称АО）：

   - 适合大型企业或那些计划公开发行股票的公司。

   - 可以是公开的（公共股份有限公司）或非公开的（私人股份有限公司）。

   - 股东对公司债务的责任也是限于其在公司的股份。

3. 个体企业（Sole Proprietorship）：

   - 适用于单一业主，无需初始资本。

   - 业主对企业债务承担个人无限责任。

4. 分公司或代表处：

   - 分公司可以进行商业活动并盈利，而代表处通常用于市场研究或促进母公司业务，不直接从事商业活动。

   - 它们不是独立的法律实体，而是其母公司的一部分。