证明企业存款资金证明的真实性可以通过以下几种方式进行：

1. 银行官方渠道查询：

   - 网上银行/手机银行：登录企业的网上银行或手机银行应用，查看账户的相关交易明细和余额情况，与存款证明进行比对。

   - 银行柜台查询：携带存款证明原件及企业法定代表人或相关授权人员的有效身份证件，前往开户银行的柜台，由银行工作人员进行人工核验。

2. 存款证明本身的特征：

   - 格式和排版：正规的银行存款证明通常具有规范的格式、清晰的排版和统一的字体。

   - 印章和签名：真实的存款证明上会有银行的公章、负责人签名等，印章应该清晰、完整，签名应该与银行预留的样本一致。

   - 防伪特征：一些银行的存款证明可能采用了特殊的防伪技术，如水印、荧光纤维等。

3. 数字签章验证：

   - 对于带有数字签章的PDF版存款证明，可以通过官方渠道如印章网（https://www.yinzhangcloud.com/validate.html）或上海市电子印章公共服务平台（https://dzyz.sh.gov.cn/login?code=3001004）进行验证。

4. 第三方验证：

   - 如果银行使用的是通过CFCA（中国金融认证中心）认证的电子印签（安心签），可以通过CFCA提供的电子签名验证报告来证明电子印章的真实性和法律效力。

5. 其他辅助材料：

   - 在某些情况下，银行资金证明可能需要配合其他辅助材料，如企业营业执照、组织机构代码证、税务登记证等，以证明企业的合法身份。

通过上述方法，可以有效地证明企业存款资金证明的真实性。在重要业务场景中，如签证申请、贷款审批等，建议通过银行官方渠道进行核实，以确保存款证明的真实性和可靠性。