在南京注册新公司，一般需要按照以下步骤进行办理：

公司名称预先核准：

选择3-5个公司的名称，并到当地市场监督管理局（原工商局）进行名称预先核准。

提交相关材料，包括股东身份信息、拟定的公司名称等。

准备注册材料：

     公司章程：包括公司经营范围、股东出资情况等。

股东身份证明：股东的身份证复印件（公司股东及法定代表人）。

注册地址证明：提供租赁合同或房产证复印件。

其他相关材料：如董事会决议、监事会决议等（视公司类型而定）。

提交注册申请：

       将准备好的材料提交给南京市市场监督管理局，申请注册。

根据要求填写相关表格，缴纳注册费用。

领取营业执照：

审核通过后，可以领取营业执照，这是公司合法经营的证明。

刻章：

携带营业执照到指定的刻章公司进行公司公章、财务章、合同章等的刻制。

开设银行账户：

凭借营业执照和相关材料在银行开设公司基本账户。

税务登记：

到当地税务局进行税务登记，申请税务登记证，了解公司需缴纳的各类税种。

社保登记：

如果公司有员工，需要到社保局进行社保登记，办理员工的社保账户。

其他许可证：

根据公司的经营范围，可能需要申请特定的经营许可证或行业许可证。

建议咨询注册代理公司或法律顾问，以确保注册过程的顺利进行，并了解新的政策和要求。