工厂出口退税和外贸公司退税的主要区别如下：

退税额计算基数不同。

工厂：退税额是基于包含成本价和毛利润之和的计税价进行计算，即出口退税的大部分金额是在采购原材料或半成品的基础上形成的。

外贸公司：退税额主要是基于商品进价进行计算，对于外贸企业来说，由于能够更容易地区分内外销比例，因此进项税转出额等计算会相对简单。

退税办理条件不同。

无论是外贸型企业还是生产型企业，如果需要办理进出口退税申请，都需要具备纳税人独立的经济核算能力和完整的会计制度，企业能够独立办理购销业务和付款结算，以及企业需要是一般纳税人主体。

总的来说，工厂出口退税和外贸公司退税主要在退税额计算基数和退税办理条件这两方面存在区别。