当法人不在时，申请注销公司可以按照以下步骤进行操作：

先到当地税务机关进行税务注销登记，办理《注销税务登记》通知书。

到工商局办理程序注销，提交相关材料，工商局收回营业执照，办理工商注销登记。

注销公司银行账户信息。

去工商局注销备案，收回备案通知书。

提交公司注销证明材料，等待审批结果，最后进行公司注销。

以上步骤仅供参考，建议咨询专业人士或者机构，按照规定的流程进行申请注销。