螺杆空压机的出口管路设有止回阀，高温高压的湿空气通过螺杆空压机排气阀排出，经过后级冷却器后仍夹带一定的油、水成分。虽然螺杆空压机的二、三级级间冷却器和末级冷却器后均配有气水分离器，用于分离压缩过程中产生的水分，但实际的运行效果并不理想。由于螺杆空压机停备时间长，排气产生的水分聚集在管路及止回阀周围，导致水分回流至机箱内部，润滑油含水量逐渐增多，最终导致高压螺杆空压机油位报警并故障停机。在停机拆除螺杆空压机的出口管路时，发现管内有大量的乳白色液体流出，这说明螺杆空压机的排气含水量严重超标。
根据螺杆空压机的运行要求，螺杆空压机应设有最低运行时间，以防止形成冷凝水，因为冷凝水会引起气缸阀片、机架部件等的生锈。冷凝水在曲轴箱中的聚积可能会造成油位读数出错。水和油无法混合，它们的共同存在造成油快速变质。最低运行时间一般不少于10min，应足以使得螺杆空压机加热到气化凝结的潮气。