医疗废水处理的基本方法有三类：物理法、化学法和微生物法，目前医院更多采用的是化学方法，物理方法主要是是针对医院废水进行沉淀、分离、冷热处理等操作。化学方法在医院废水处理中应用更为广泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化剂消毒法、辐射消毒等，微生物处理法作为当前科技附加值较高的方法，逐步受到了人们的青睐。
物理处理方法
沉淀过滤法
沉淀法是医疗废水物理处理的重要方面，主要原理是利用医疗废水中悬浮污水的密度和污染物不同，按照重力沉浮的原理，把医疗污水中的悬浮物分离出来。利用过滤介质截流污水中的悬浮物。过滤介质有钢条、筛网、砂布、塑料、微孔管等，常用的过滤设备有格栅、栅网、微滤机、砂滤机、真空滤机、压滤机等，把污水分离出去。
离心分离方法
在医院医疗废水处理中，含有悬浮污染物质的污水在高速旋转，由于悬浮颗粒(如乳化油)和污水受到的离心力大小不同而被分离的方法。二氧化氯是一种强氧化剂，其溶于水后将产生次氯酸根离子和亚氯酸根离子，损害人体对碘的吸收，损害红细胞。二氧化氯是一种高效杀菌剂，自其作为污水处理消毒剂以来，在欧美国家应用较为广泛。二氧化氯发生器无论是在安装还是使用方面
都具有很多优越性，二氧化氯必然成为医院医疗污水处理的有效产品之一。医疗废水使用二氧化氯进行消毒可以有效除去失活病毒、隐孢子虫等，且二氧化氯消毒不受PH值影响，不形成氯仿等有机卤代物。二氧化氯还可以有效氧化铁、锰、硫酸物等许多有机物，但又不与氨反应，也不会形成溴酸盐。
氧化剂消毒法
臭氧也是一种高效的消毒剂，具有刺激性气味，且具有不稳定性。臭氧具有高的氧化还原电位，能够有效讲解有机物，破坏分解细菌的细胞，并且最终杀死细胞。臭氧能够消灭生命力顽强的病毒、芽孢等微生物。经过臭氧处理后，除菌率高达99.985%-99.998%，亚硝酸盐类去除率为79.5%，色度的去除率为77%。臭氧杀菌彻底，杀菌快，且不受外界环境影响。但是臭氧消毒也有一定的局限性，那就是臭氧本身不稳定，容易在水中分解，而且臭氧消毒设备昂贵。
辐射消毒法
辐射消毒主要是指利用电离辐射杀灭致病微生物的能力对一次性医疗用品进行消毒。紫外线消毒是一种最经济方便的方法，也是一种物理消毒法，利用紫外线功能消灭病原微生物。紫外线在波长(280-200nm)的杀菌消毒效果佳。紫外线消毒用于医疗废水处理的原理：利用紫外线光子的能量破坏水中的各种病毒和细菌的遗传物质DNA，破坏其DNA结构，达到消灭病菌的目的。该种医疗废水处理方法的优点是费用低、投资小、时间短。
曝气生物滤池法
医疗废水主要来自手术室、病房、洗衣房等，其主要的污染物为病毒、微生物及其有机污染物。采用氯化法等消毒能够达标，但是不能有效去除有机物。为了更好地控制污水，全面达标，医院还可以采用生物滤池污水处理方法，这是一种新型生物膜法污水处理工艺。曝气生物滤池具有以下特点：占地少、有机负荷高;因滤料具有切割作用，所以氧利用率较高;具有生物降解反应和过滤双重功能;生物活性高、量大、抗冲击能力强;运行可靠、管理方便。
微生物技术
生物接触氧化法
这种方法是介于生物滤池和活性污泥法之间的一种生物膜法。在接触生物氧化池内设有填料，在填料表面附着着以生物膜形式存在的微生物，部分微生物以絮状存在，利用这些生物膜和充分共赢的氧气对废水中的有机物进行氧化分解，最终达到净化水质的效果。在可生化的条件下，该种方法具有高效节能、占地小、运行方便等特点。生物接触氧化法通常与传统消毒方法结合使用。如A/O二级强化生物接触氧化法-二氧化氯工艺等，在较大型医院的废水处理中，这些方法得到了广泛应用。
膜生物反应器处理
在医疗废水微生物处理中，膜生物反应器处理是一个非常常见的方法，膜生物反应器主要是把生物处理单元和膜分离单元结合起来的一种新型的水处理技术，在这个过程中，主要是用膜组件来代替传统的二沉池，这样能够实现固体和液体的有效分离，防止出现污泥膨胀、水质不稳定的情况。，膜生物反应器处理办法具有水处理效率高、防止二次污染、密封性强、占地少、成效快的特点，是当前医疗废水处理采用的主要方面。