供水方法基本上分3种︰开放式、封闭式和半封闭式。开放式供水系统中，水从水箱流过即予弃去，其水质和自然环境接近，有毒的新陈代谢的排泄物也不会集结；但温度控制和用泵抽水的费用较高，且常需过滤。
封闭式供水系统中的水反覆环流，只是定期换水。排泄物不能从该系统中不断冲洗出去，河北水族馆，故必须经过处理。一个重要的问题是其中的氨必须迅速除去或使之转化，因为即使在浓度很低的情况下氨也是有害物。在水箱中，将氨变换成亚的细菌主要存活在过滤器材料中。通常用表面积很大的沙质慢滤器来确保这些细菌大量存在。水柜中的植物生长，尤其是在海水供水系统中，通常不能充分利用细菌从亚中制取的全部。虽然某些水柜多年来换水次数，但一般每月需换水1～10%，使保持在低水平。在淡水和海水供水系统中使用炭有助于减缓含氮废物的积聚。排泄物也造成水中酸度的增加。通常施用碳酸盐化合物使酸度维持在适宜的程度，特别是在不经常换水的时候。
水族馆选址除风景优美，水族馆施工，交通方便外，取水的地方不能有工业和城市污水，海水水族馆取水处不能有河水流入；淡水水族馆要建在湖滨或河畔，以便取水，否则也可用自来水或井水，设计水族馆，但有些要经处理后方能使用。水族馆式建筑在中国开始较早，如王象晋在《二如亭群芳谱》中载：元时燕帖木儿（1330年前后）“于第中起水晶亭，亭四壁水晶镂空，贮水养五色鱼其中”。专为水生生物设计的早的容器是罗马人用来保存和餵肥鱼类以供应市场的严密实用的户外水箱，直到18世纪，供艺术观赏的金鱼从东方运入法国，才有建立小型水族馆的要求；制造了陶瓷缸，偶尔还装有透明的断面。1850～1880年间，在许多欧洲城市修建的大型公立水族馆都努力使观众产生身临水中世界的幻觉。倾向于强调各鱼种的自然美，并倾向于在水和观赏场地之间形成明显的区别。
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