一般将二级生物安全实验室（P2实验室）分为1个P2主实验室、1个一更缓冲间、1个二更缓冲间、1个洗涤室，考虑到生物实验室应同时实施洁净区与非洁净区的要求，其中洁净区主要体现在微生物实验区的平面布置和维护结构方面，非洁净区主要体现在空调净化系统方面。在平面布置方面，把人流和物流分隔开，防止人和物的交叉传染，即实验操作人员通过一更缓冲间和二更缓冲间进入P2主实验室，实验物体通过2个互锁式传递窗进出P2主实验室，其中1个互锁式传递窗设在主实验室和准备间之间，另外1个设在主实验室和洗涤间，保证了洁净物不受传染，也保证了污染物尽快进行清洗。
核心工作间（动物饲养室）是直接操作危险生物因子活动的区域，为提高室内气流的均匀性，减少气流死角和涡流，同时易于实验设施的布置与实验活动的进行，核心工作间（动物饲养室）的平面结构（几何形状）应尽量规整。由于核心工作间有气压等环境参数的控制要求，为了减少指标的丢失，其出入口应设置缓冲间。结合上述情况，负压状态BSL-2实验室的基本结构应由核心工作间和缓冲间构成，并且，缓冲间宜设于核心工作间外侧，以保持核心工作间的完整性。对于负压状态ABSL-2实验室，可以设置独立的动物室，也可以根据需要将动物室与核心工作间合并〔2〕。
更衣是进行实验活动的必要程序，设置专用更衣室有利于洁污分离，避免交叉污染。当实验室设置于大实验区域内，如设于某实验楼层的一隅时，由于人员在进入大区域前已进行一次更衣，所以实验室不应生搬硬套“一更、二更”模式，仅设一间更衣室即可。人员在更衣室穿戴防护用品后通过缓冲间进入核心工作间，形成合理的人流程序。
通常，为了建立合理的实验工艺流程，还需要在清洁区域设置准备间（或称前室），并与核心工作间之间设置双扉传递窗，形成合理的物流程序。根据生物安全的基本理念，所有污染物在离开核心工作间前必须进行安全处理，因此无需设污物专用走廊。
二、P2生物安全实验室对平面布局的基本要求：
1、 单人单面的工作空间中：走道间距为1200mm； 置物高度为1500mm；操作间隙为750mm；
2、 双人双面的工作空间中：走道间距为1500mm；置物高度为1500mm；操作间隙为750mm；
3、 实验工作台与安全设备的走道间距为1800mm;
4、 安全设备间的走道间距为>1800mm
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