酶底物法
方法灵敏度不同，多管发酵法为每 100 m l样本中 2 cfu;酶底物法为每 100 m l样本中1 cfu。
方法步骤不同，多管发酵法为多步骤测定，费时费力； 酶底物法为一步测定，省时省力。
方法耗时不同，多管发酵法对于阴性水样需 24 h 报告结果，对于阳性水样则需72 h报告结果； 酶底物法无论阴性或阳性水样均可24h报告结果。
方法费用不同，多管发酵法可使用半成品培养基或自配培养基，检测成本低廉，目前国内也开发有初发酵试验的成品培养基和一次性耗材，天津河水检测，但由于阳性水样必须进行验证试验，从而限制了该商品试剂的应用推广；酶底物法使用商品试剂，目前均有国内外生产商供应，该方法在东部经济发达地区使用较广泛。我们国内也逐步完善替代传统方法，酶底物法检测程控定量封口机会越来越受欢迎，用户也越来越多。
为检验饮用水是否达到卫生标准，需要进行水中的细菌数量及大肠菌群数的测定。细菌总数可以说明水质被污染的程度，一般来说，细菌数量越多，污染的程度越高。大肠菌群是大量出现在粪便中的非致病菌，从其数量的多少可判断水源被人畜排泄物污染的程度，所以大肠杆菌可作为粪便污染的指示菌。国家饮用水标准规定，饮用水中大肠菌群数不超过3CFU/L，细菌总数不超过100CFU/mL。2005年6月开始，城市供水卫生标准有所提高，自来水中细菌菌落数不得超过80CFU/mL，任意取100mL水样不得检出大肠杆菌。因此，对水中的细菌数量及大肠菌群数的检验是保证饮用水安全和控制传ran病的有效手段，同时也是评价水质状况的重要指标。
水中粪大肠菌群的常见检测方法
1、纸片法
采用纸片、纸膜、胶片等作为培养基载体，将特定的培养基和显色物质附着在上面，通过粪大肠菌群在上面的生长、显色来测定的方法，即粪大肠菌在纸片培养基上呈红色菌落，菌落周围产生黄圈是粪大肠菌分解乳糖产酸使指示剂变色的结果。
2、酶底物法
将加入酶底物检测试剂的100ml水样注入51孔或97孔的定量测量盘中进行密封后培养，由于大肠菌群细菌能产生一种β-半乳糖苷酶分解PG使得培养液呈黄色，同时大肠埃希氏菌可以产生葡萄糖醛酸酶分解MUG，培养液将会在波长366nm紫外光下产生荧光反应。通过计算有黄色反应和荧光反应的孔穴数，可对照MPN表查出其代表的粪大肠菌群可能数水中粪大肠菌群。
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