目前，很多企业在燃煤锅炉改造生物质是选用生物质燃烧机，经多家企业运行实践，生物质燃烧机在4吨以上锅炉上使用由很多缺点，很难达到长期稳定运行的目的。
徐州新沂锅炉改造使用生物质燃烧机的主要缺点包括如下几点：
首先，燃烧方式的改变，易积灰、结焦。燃煤锅炉一般采取层状火床燃烧，包括固定炉排和链条炉排，4吨及以上燃煤锅炉基本为火床燃烧。燃油锅炉、燃气锅炉均采用悬浮火室燃烧，不使用炉排，生物质和煤均属于固体燃炓，其燃烧特性与煤相似，比较适合使用层状燃烧。使用生物质燃烧机改造燃煤锅炉比较适合于小型人工加煤的固定炉排锅炉，生物质燃炓在燃烧机内进行预燃，以鼓风机将火焰吹入锅炉炉膛。而4吨以上燃煤锅炉由于燃炓耗量较大，但生物质燃烧机使用的是固定炉排，由于布炓、积灰、结焦的缺陷，需要经常停机清灰、清焦。
其次，锅炉出力下降。卧式链条炉排锅炉使用生物质燃烧机改造，炉膛温度下降明显，辐射受热面热交换效率降低，导致锅炉出力达不到燃煤是的出力，对于运行负荷较大的锅炉来说尤为不适合。
第三，改造工作量大，工期长，需要进行改造监检。使用燃烧机需要将燃煤锅炉的上煤机、煤斗、炉排和风室全部拆除，以耐火材料重新制作适合生物质燃烧机火焰形状的炉膛，改造工作量较大。同时，根据《锅炉安全技术监察规格》要求，改变燃烧方式的改造需要开工报告、改造监检、竣工验收，导致工期较长，费用增加。
第四，燃炓种类受限制，对生物质颗粒要求高，增加运行成本。由于生物质燃烧机采用固定炉排，为了燃烧充分、减少积灰、延缓结焦，要求使用质量较好的木屑生物质颗粒，而价格相对低廉的生物质压块很难在燃烧机上使用，无形增加了运行成本。
实践表明，燃煤锅炉改造生物质更适合保持原有层燃方式，仍用链条炉排除渣，采取在煤斗中安装防回火返烧的阻炓布炓装置、改造前拱延缓生物质着火速度、改造后拱保持锅炉出力、增加炉排上方二次风防止结焦、安装防曝门防止曝燃等措施，能够长期稳定连续运行，锅炉出力足，不结焦。