生化处理物化处理后的污水经脉冲发生器进入一级厌氧塔，污水在厌氧反应塔体内进行脉冲搅拌，使污水与塔内的颗粒厌氧污泥充分混合反应，同时避免污泥在反应器底部沉积。搅拌后的污水缓慢上升，厌氧反应器内填装生物填料，生物填料可增加大量的厌氧微生物，主要起吸附分解有机物的载体作用。利用厌氧菌可降解大部分高浓度有机物。厌氧反应器设置三相分离器，使活性污泥沉淀在厌氧反应塔底部；有机物分解后形成的CH4、H2S等气体通过气体收集器排到塔外；处理后的污水上清液则进入集水槽流入下道工序处理，使气、液、固三相分离。
厌氧出水至生物接触氧化池处理，使有机物质得到进一步氧化分解，在碳化作用趋于完全的情况下，通过好氧生物接触氧化作用，将污水中的有机大分子分解转变为小分子，同时将O级生物氧化池的污泥部分回流到厌氧反应塔作为电子还原供体，通过硝化反硝化作用，最终使有毒有害的氨气转化为无毒的氮气，达到进一步降解有机物和消除有机污泥的目的；同时，培育了特殊生物酶工程菌，投放到废水处理工程中，能够耐毒、耐酸、耐冲击，提高了生化处理效果。
深度处理生化处理后的水根据回用要求，选择离子交换或者膜处理系统，进行脱盐处理，去出水中的有机物与无机盐，经此处理后的水完全可以回用，浓缩后的水加入生物激活剂返回物化处理，生物激活剂能够对处于病态和不活跃的生物细菌起到激活的作用，从而达到深化处理的目的。
污泥处理污泥池沉淀池的污泥通过污泥泵定期排入污泥浓缩池浓缩，部分污泥用污泥泵提升回流至厌氧塔作为活性污泥回流。污泥浓缩池污泥经厌氧硝化后上清液自流至调节池进入污水处理系统，剩余污泥定期抽取经压滤机压成泥饼后送至煤场，作为锅炉燃料和煤燃烧。
