首先申请人可以直接到上海市食品药品监督管理局食品流通许可受理窗口提出申请，也可以先通过上海市食品药品监督管理局网站的上海市食品流通许可网上申请服务系统提出设立、变更、注销和补证申请。目前，上海市食品流通许可网上申请服务系统不能进行食品流通许可延续和撤回申请。
二、应当办理食品流通许可证的对象
以食品集中交易市场、商场超市、便利店、食杂店、食品贸易商、食品物流配送、无店铺食品经营者等7种业态方式从事食品流通活动的经营者，应当取得《食品流通许可证》。
三、不需要办理食品流通许可证的情况：
取得餐饮服务许可的餐饮服务提供者（餐馆、饭店、食堂）在其餐饮服务场所出售食品;
农民个人销售其自产的食用农产品，不需取得食品流通许可;
四、办理食品流通许可的步骤：
咨询后领取并填写《食品流通许可申请书》，同时准备相关材料；
递交相关文书材料，材料齐全后，领取《接收材料凭证》或《受理通知书》后等待许可核准结果，需要现场核查的配合食品药品监管部门现场核查。
领取《准予许可通知书》，十日内凭通知书领取《食品流通许可证》。