与《办法》相比，《条例》在所列举的可以作为特许经营资源中增加了专利、专有技术内容，对商业特许经营的定义也更加科学、严谨，《条例》第三条将商业特许经营定义为“商业特许经营(以下简称特许经营)，是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业(以下称特许人)，以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者(以下称被特许人)使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动”。从商业特许经营的概念可以看出，商业特许经营有四个基本要素：
一、特许人必须是拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业。
二、特许人和被特许人之间是一种合同关系。特许人、被特许人是相互独立的市场主体，双方通过订立特许经营合同，确定各自的权利和义务。因此，特许经营本质上是一种民事行为。
三、被特许人应当在统一的经营模式下开展经营。特许经营是一种高度系统化、组织化的营销方式，统一的经营模式是其核心要求之一，也是保证服务的规范性、一致性以及维护品牌形象的需要。这种统一的经营模式体现在各个方面，大到管理、促销、质量控制等，小到店铺的装潢设计甚至标牌的设置等。
四、被特许人应当向特许人支付相应的费用。特许人拥有的经营资源一般都经过了较长时间的开发、积累，具有较高的商业价值。被特许人经许可使用这些经营资源也是为了开展经营活动，因此需要支付相应的费用。支付费用的种类、数额以及支付方式，由双方当事人在合同中约定。特许经营使用费
特许经营适用费也是特许权使用费，是指受许人在特许经营合同期内按一定的标准或比例向特许人定期支付的费用。特许权使用费通常也称为管理费、权益金，它体现的是特许人在特许经营合同期内向受许人提供的持续支持和指导的价值。
特许经营权使用费条例与其它特许经营法规明显不同之处在于规定了特许经营者要交特许经营权使用费(“使用费”)，明确了特许经营权的使用不是无偿的。但条例并没有说明使用费的计算方法和依据，律师认为这会造成实践中的不同解读。以TOT项目为例，现在很多实践操作中的项目是政府先将项目资产转让给了特许经营者，政府收取的所有价款中只有项目资产的转让价款，再无偿授予特许经营权。
现在根据条例，此类项目政府有权力收取除资产转让价款外的使用费，这加大了投资者的投资成本，特许经营者要通过特许经营来收回使用费及使用费的正常利润，这部分使用费及其正常利润同样要由购买公共服务的老百姓来支付，因此使用费的征收也变相增加了老百姓的负担。
当然，另一种使用费政策的解读是项目资产的转让价款就是使用费，因此政府仅从特许经营者处收取资产转让价款即可。两种解读方式的内容有较大差异，容易造成实际操作中的模糊或矛盾。