互联网药品交易服务资格证书分为A、B、C三种。
A证由国家食药监总局审批，为第三方交易平台，即只能作为药品生产企业、药品经营企业和医疗机构之间进行互联网药品交易的平台服务商，不得向个人提供药品销售服务，证书编号示例：国A20110001，据公开资料显示，截至到2016年4月，全国范围内共发出A证27张。一直以来，A证为第三方医药电商平台的重要门槛，由于数量稀少但是需求大，致力于从事医药B2B第三方平台业务的医药电商企业只能花大力气申请或者通过收购的方式获得，如平安好医生、尔康制药等都是通过收购的方式获得了A证。
B证由各地方食药监审批，为B2B交易平台，即药品生产企业、药品批发企业可通过自身网站可与本企业成员之外的其他企业进行的互联网药品交易，证书编号示例：豫B20070001，据公开资料显示，截至到2016年4月，全国范围内共发出135张。
C证由各地方食药监审批，为B2C服务，即连锁药店自建的网上药店可向个人消费者提供药品，不过前提是必须要有连锁线下门店，证书编号示例：冀C20090001，据公开资料显示，截至到2016年3月，全国范围内共发出456张。
2013年，国家食药监总局先后批准在河北慧眼医药科技有限公司“95095”平台（即天猫医药馆）、广州八百方信息技术有限公司“八百方”平台和纽海电子商务（上海）有限公司“1号店”平台进行互联网第三方平台药品网上零售试点工作，在运行三年后，试点过程中暴露出第三方平台与实体药店主体责任不清晰、对销售处方药和药品质量安全难以有效监管等问题，不利于保护消费者利益和用药安全，因此国家食药监总局于2016年6月相继叫停了互联网第三方平台药品网上零售试点工作，零售试点A证被叫停后，也没有继续审批发放。
对于已获得许可的互联网药品交易企业，国家食药监总局表示，结束第三方平台药品网上零售试点工作，不影响已经获取《互联网药品交易服务资格证书》的企业依照《互联网药品交易服务审批暂行规定》等规定，继续开展企业对企业和医疗机构的药品交易服务业务；取得《互联网药品交易服务资格证书》的实体药店可以继续通过互联网直接向消费者销售药品。
对于此次取消互联网药品交易服务企业（第三方平台除外）审批，同时要求，审批取消后，食品药品监督管理部门要把强化“药品生产企业许可”“药品批发企业许可”“药品零售企业许可”，对互联网药品交易服务企业严格把关，要建立网上信息发布系统，方便公众查询，指导公众安全用药，同时建立网上售药检测机制，加强监督检查，依法查处违法行为。