二.准备注销登记的相关材料。
因为分公司不具备法人资格，（和一般公司注销不同之处）注销登记材料应由所属公司做出决定并签署。
材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明"与原件一致"并由公司加盖公章。
三.材料准备完成后，向工商登记机关提交。
四.分公司注销登记经工商登记机关核准后，公司应持《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
同时，也要到技术监督局注销企业代码证。
五．如果分公司有银行账户的，需要注销银行账户，没有则不需要。
需要提交的资料：
(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
(2)公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。
指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
(3)公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
(4)分公司的《营业执照》正、副本。
(5)分公司完税证明。
您所说的"税务系统中好像还处于非正常状态"如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联"分公司登记核准通知书"作为证明。
(6)分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。
(7)分公司公章。