1、化肥的优点是它的养分含量高、效非常快、达到增产的效果。
2、化肥的缺点也很多。比如它的养分比较单一，一般使用化肥都要和几种肥料一起搭配使用，释放养分非常的快，纵向平衡供应养分比较差;很容易发挥掉、淋溶掉、固定等途径损失掉，肥料利用不是很高;化肥如果施用不当的话，不仅会对植物生长不利，还有可能对土壤不利，使土壤变劣，降低土壤的肥力。
生物菌肥的施用方法
基本原则：一般不能与杀虫剂、杀菌剂混用，这样容易杀灭菌肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀灭菌肥中的微生物。在施用前不宜久放，好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，阿维菌素型生物有机肥的使用，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。并注意土壤条件，如养分含量、有机质含量、水分含量、pH值等，否则会影响使用效果。
施用温度：合理施用菌肥的佳温度为22~35℃，唐山生物有机肥的使用，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是效肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。
区别：
1）生物有机肥完全腐熟，阿维菌素型生物有机肥的使用，虫卵亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4 与生物菌肥：
区别：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在千元左右；生物菌剂价格昂贵，每吨几千元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
