工程实践中，结算工作也是极易发生争议、矛盾、纠纷的环节，通常表现为计量争议、变更估价争议、工程结算确认争议、工程结算审计争议等。根据《建设工程工程量清单计价规范》第2.0.44条的规定，工程结算是发承包双方根据合同约定，对合同工程在实施中、終止时、已完工后进行的合同价款计算、调整和确认的经济活劫。从竣工结算的目的考虑，竣工结算的范围应当包括施工合同项下全部工作的计量与计价直至全部债权债务的清算，根据《建设工程价款结算暂行办法》（财建[2004]第369号）以及相关法律法规的规定，《2007版标准文件》中所称的竣工结算是指包括工程造价、违约金、赔偿金等全部合同履行相关工作事项的总结算。
竣工结算申请该条款的设计牵涉到竣工结算文件提交的时间、内容、主体等方面的具体内容。竣工结算应以工程质量合格为发包人支付工程款的前提，如果承包人完成的工程质量不合格，无权向发包人主张工程价款。因此关于竣工结算文件提交的时间应按照竣工验收的完成时间作为起算日期。竣工结算文件的内容通常应包括竣工结算合同价格、发包人已支付承包人的款项、应扣留的质量保证金、发包人应支付承包人的合同价款以及专用合同条款约定的其他内容。
工程文件和往来函件的报送方式不同，合同当事人应注意，竣工结算文件应同时报送发包人和监理人。对竣工结算文件的审查，发包人可以自行审查竣工结算文件，也可以委托专业的造价咨询机构审查，竣工结算文件经承包人和发包人共同确认后，竣工结算即告完成。
竣工结算审核该条款内容应明确竣工结算的审批、支付以及异议程序，并应规定发包人的及时审批义务，对于引起争议的结算事项，可以采用临时付款证书的方式，并对迟延支付竣工结算款项严重的给予双倍贷款利息罚息的规定，以规范工程竣工结算，解决长期存在的拖延结算和欠付工程款纠纷。就该项规定的内容而言，需要注意以下方面：为了促使发包人尽快完成竣工结算的审核，在施工合同中应当约定发包人和监理人各自完成竣工结算审核的时间。《2007版标准文件》规定，监理人应在收到承包人竣工结算申请后14天内完成核查。
发包人应在收到监理人审核后的竣工结算文件后14天内完成审核；如果工程复杂，当事人可以在专用合同条款中对竣工结算设置更长的期限。需要注意的是，《2007版标准文件》设置了防范发包人拖延结算的默示条款机制，在第17.6.2（1）条中明确约定“监理人未在约定时间内审查，又未提出具体意见的，视为承包人提交的终结清申请已经监理人核查同意；发包人未在约定时间内审核又未提出具体意见的，监理人提出应支付给承包人的价款视为已经发包人同意。”该默示条款意义重大，发包人应当予以高度重视。
終结清終结清是合同当事人在缺陷责任期终止证书颁发后，就质量保证金、维修费用等款项进行的结算和支付。《2013版施工合同》在《2007版标准文件》基础上，考虑到缺陷责任期满后，监理人工作通常已经结束并结清退场，因此规定終结算申请直接向发包人提交，不再通过监理人。
终结清条款内容应包括終結清的条件、程序、逾期支付的程序。鉴于质量保证金在退还清算中经常涉及缺陷修复以及相应扣款事宜，因此在条款中应当对结清的程序、报告内容、协商、默示条款予以重点关注。