实践中，商业特许经营合同的无效判定主要看该合同是否违反效力性强制性规范，关于效力性强制性规范的判断问题就已经是个很大的法律争议。
争议多的是两种情况：
一是主体不合法对特许经营合同效力的影响，
二是特许经营合同中约定的经营资源出了问题对特许经营合同效力的影响。
先说主体不合法的情况，主体不合法中常见的又有两个问题：
一是特许人是否必须是企业？
二是不具备“两店一年”条件是否会导致合同无效？
关于特许人是否必须是企业？根据《特许经营管理条例》第三条规定：“企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动。
”该条高人民法院已经根据对高人民法院的批复明确了属于效力性强制性规范，如有违反，签署的特许经营合同归于无效。
关于不具备“两店一年”条件签署特许经营合同是否会导致特许经营合同无效？因为“两店一年”条件是否具备，从本质上讲属于判断特许人是否有成熟经营模式的依据，是考察特许人能力是否达到从事特许经营活动要求的一个指标。
所以，模式不成熟是一个合同履行能力的问题，不是影响合同是否存在的问题。
所以，不具备“两店一年”条件相对人可以主张解除合同或者撤销合同，但是鲜有主张合同无效获得法院认可的。
第二个情况是经营资源会不会影响特许经营合同的效力？
虽然，经营资源是影响特许经营合同履行的重要条件，实践中也有个别法院的判决认定如果特许人不具备经营资源，特许经营合同无效。
但是，绝大多数法院坚持判决特许经营合同有效，理由跟不具备“两店一年”条件一样，法院认为没有经营资源只能说明特许人欠缺完全履行合同义务的能力，被许可人向法院主张解除或者撤销该特许经营合同更有利于保护被特许人的利益。
但是，如果特许经营合同的合同期限超过了经营资源的权利期限，则所有法院都会认定超过期限部分无效。
综上，特许经营合同被法院认定为无效的情形主要的是两种：
1、 签订特许经营合同的特许人是非企业形式；
2、 特许经营合同约定的期限超过经营资源权利期限，超过部分无效。