据我个人了解广泛且简单的还是酸水解和碱水解，这属于化学方法，还有就是生物方法—酶解和菌解。可能还有其他一些更的专利制作工艺，感兴趣的可以去知网或者中国专利信息网上查查看。
记得本人大学期间就做实验提取过海鱼中蛋白质，并做了凝胶电泳进行分析。就上述的方法而言，肯定是生物方法效果更好的，这样获取的酵素菌产品活性更高，更利于作物直接吸收利用。化学方法，酵素菌，会将丝氨酸、色氨酸等氨基酸的结构直接破坏掉，效果上肯定大打折扣的。
酵素菌肥料的市场卖点
其实功效上不难理解，从原料成分就可以看出，含有各种蛋白、小分子多肽及游离氨基酸，水冲酵素菌，还有其他一些中微量元素，那么可以给作物补充丰富的营养元素，在情理之中。
其次，酵素菌里鱼蛋白含有丰富的小肽、短链多肽、18种高活性左旋游离氨基酸、不饱和脂肪酸。寡肽、多肽也是植物体内的内源，可参与植物生长、发育及抗逆等许多生命过程、在植物发育过程中也会起到重要的作用。
总的来说，鱼蛋白肥料具有以下五个功效 ，也可以说是卖点吧：补充植物营养 ；改善土壤板结；活化土壤肥力；改良产品品质； 提高作物抗逆性。
酵素菌具体在作物上的应用
番茄
①初期，喷施酵素菌，促进叶片肥厚，根系发达，缓苗速度快。
②花蕾期，用鱼蛋白，减少畸形花，增加坐果率。
③膨大期，用鱼蛋白2次，果实大小均匀，增加单果重量，增强光合作用强度，可以使采摘期延长，多挂果，挂果时间长。
草莓
①定植后，用酵素菌冲施肥，缓苗速度快，根系发育好。
②初花期，喷鱼蛋白，可以增加产量，提高果实的含糖量。
桃子
①萌芽前喷鱼蛋白，预防倒春寒。
②开花前，喷鱼蛋白，减少畸形花，降低温度变化引起的落花现象。
③硬核期，喷3次，增加果实的硬度，减少裂果，增强叶片光合作用，增加产量，改善品质。
葡萄
①萌芽前喷施，预防倒春寒。
②萌芽后喷施酵素菌1500倍稀释液，能加快生长，提高对异常天气的抵抗力。
③坐果后，喷鱼蛋白3次，促进光合作用，提高葡萄含糖量，单穗重增加，提高植株的抗逆性。
西瓜
①苗期喷施鱼蛋白，西瓜根系发达，茎杆粗壮，缓苗速度快，减少病毒病发生，提高作物抗逆性。
②坐瓜后，喷鱼蛋白2-3次，间隔7-14天，增强光合作用，提高产量，增加含糖量。
苹果、梨用酵素菌冲施肥
①萌芽前喷施，可以预防倒春寒，有效趋避红蜘蛛。
②开花前喷施可以增强树势，绿色蔬菜专用酵素菌，促使枝条花芽饱满。
③幼果膨大期，喷施可以促进光合作用，增加单果重量。
酵素菌怎么用
水溶肥是近些年来农资市场的新兴产物，随这农业的进步水溶肥越来越被大家所接受，它凭借着使用效果好，使用方便等优势，越来越被广大的用户所接受。针对水溶肥使用的时候应该注意哪些问题？
俗话说酵素菌一般不就是随水冲施嘛。广义的水溶肥产品就是随水施肥，但是狭义的水溶肥指的是特种功能水溶肥，在使用的时候可以底施、撒施、冲施、滴灌、叶喷等多种使用方法。
以蔬菜为例：蔬菜整个生长季有几个关键点，苗期-花期-坐果期-膨果期，那么针对不同时期使用的产品也不一样。
苗期，主要以生根为主，根系对植株的生长是十分重要的，前期以促进作物生根为主一般正常情况下亩用量翠姆根碧多在2—5公斤之间滴灌冲施使用。
花期，我们需要结合生根类产品或微生物菌剂类产品，配合大量元素高磷水溶肥去促进作物的花芽分化，提高成花坐果率，促进根系二次成长发育。
坐果期，结合氨基酸叶面肥 硼肥、钙肥按照1500-2000倍稀释使用去提升坐果率增加产量，蔬菜专用酵素菌，当然也需要结合平衡水溶肥、高磷水溶肥产品使用。
后期膨果期主要以大量元素高钾水溶肥为主，去促进果实的膨大，当然养根的工作也是不容忽视的部分。
其实随着近些年农资水溶肥的一个发展，除了大量元素之类产品之外，像一些软营养肥，比如鱼蛋白、海藻肥、碳肥等此类产品也越来越被众多的用户朋友所喜爱。
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