税制的完善在海南自由贸易港税收制度体系中居于中心位置，贯穿自贸港建设始终，从 2025年之前开始试验探索，
2025 年至 2035 年期间又将进一步深化推进，樶终发展为成熟定型的自由贸易港政策制度体系的组成部分，而其他税收政策基本属于阶段性措施。
2025 年之前的特殊税制安排包括 3 项内容：
一、海南自由贸易港企业所得税优惠政策
对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按 15%征收企业所得税。
强调“实质性运营”。
（一）适用政策的条件
Ø 注册在海南自由贸易港。
Ø 鼓励类产业企业。
具体为：以海南自由贸易港鼓励类产业目录中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额60%以上。
Ø 实质性运营。
具体条件是指企业的实际管理机构设在海南自由贸易港，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。
（二）跨地区汇总纳税企业享受优惠问题
Ø 对总机构设在海南自由贸易港符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构所得，适用 15%税率；
Ø 对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内符合条件的分支机构的所得，适用 15%税率。
旅游业、现代服务业、高新技术产业企业新增境外直接投资取得的所得免征企业所得税。
（一）企业的条件
享受优惠的企业需在海南自由贸易港设立，限定于旅游业、现代服务业、高新技术产业企业。
（二）新增境外直接投资取得所得的条件
Ø 将享受优惠的所的范围限定于境外新设分支机构取得的营业利润和从持股比例超过 20%（含）的境外子公司分回的，与新增境外直接投资相对应的股息所得，其它境外所得不能使用免征企业所得税政策；
Ø 为避免双重征税，要求被投资国（地区）的企业所得税法定税率不低于 5%。
资本性支出一次性税前扣除或加速折旧和摊销政策。
对在海南自由贸易港设立的企业，新购置的（含自建、自行开发）固定资产或无形资产，单位价值不超过 500 万元（含）的，允许一次性计入当期成本费用在计算应纳税所得额时扣除，不再分年度计算折旧和摊销；
新购置（含自建、自行开发）固定资产或无形资产，单位价值超过 500 万元的，可以缩短折旧、摊销年限或采取加速折旧、摊销的方法。
房屋、建筑物不能使用一次性税前扣除和加速折旧政策。
二、海南自由贸易港高端紧缺人才个人所得税政策
对在海南自由贸易港工作的高端紧缺人才，其个人所得税实际税负超过 15%的部分，予以免征。
Ø 高端人才资格条件：1、经海南省各级人才管理部门认定；2、一年纳税年度内在海南自贸港收入达到人民币 30 万元以上；
Ø 紧缺人才资格条件：符合海南自贸港行业紧缺人才目录范围，共五类。
上述两者还需同时符合以下条件：
Ø 在海南自由贸易港工作，与在海南自由贸易港注册且实质性运营的企业或单位签订了一年以上劳务合同或聘用协议等。
Ø 一个纳税年度内在海南自由贸易港连续缴纳社会保险 6 个月以上（须包含本年度 12 月当月），视同满足 183 天的居住条件。
对无法缴纳社会保险的境外人才不做要求。
享受上述优惠政策的所得包括来源于海南自由贸易港的综合所得（包括工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费四项所得）、经营所得以及经海南省认定的人才补贴性所得。
纳税人在海南省办理个人所得税年度汇算清缴时享受上述优惠政策。
在全岛启动封关运作的同时，依法将现行增值税、消费税、车辆购置税、城市维护建设税及教育费附加等税费简并成一个税种，即销售税，在货物和服务零售环节征收。
第二，促进贸易投资自由化便利化。
贸易和投资自由化便利化是海南自贸港制度体系的重点，在这方面，税收政策聚焦对货物贸易实行以“零关税”为基本特征的制度安排，对纳入清单管理的货物及物品免征进口关税、进口环节增值税和消费税。
具体包括 5 项政策措施：
一、对生产设备。
除法律法规和相关规定明确不予免税、國家规定禁止进口的商品外，对企业进口自用的生产设备，实行“零关税”负面清单管理。
二、对交通工具。
对岛内进口用于交通运输、旅游业的船舶、航空器等营运用交通工具及游艇，实行“零关税”正面清单管理。
三、对原辅材料。
对岛内进口用于生产自用或以“两头在外”模式进行生产加工所消耗的原辅料，实行“零关税”正面清单管理。
四、对居民消费品。
对岛内居民消费的进境商品，实行正面清单管理，允许岛内免税购买。
五、“一线”放开、“二线”管住的进出口管理制度。
自贸港将在洋浦保税港区等具备条件的海关特殊监管区域率先实行，条件成熟后适时启动全岛封关运作。
第三，推动生产要素自由有序安全便捷流动。
建设海南自贸港的一个重要支撑，是下大力气破除影响资金、人员、数据等生产要素流动的体制机制障碍，引导全球高端生产要素在海南集聚、配置、融合。
这方面主要有 4 项优惠政策：
一、在确保有效监管和风险可控的前提下，境内建造的船舶在“中国洋浦港”登记并从事国际运输的，视同出口并给予出口退税。
二、对以洋浦港作为中转港从事内外贸同船运输的境内船舶，允许其加注本航次所需的保税油；对其加注本航次所需的本地生产燃料油，实行出口退税政策。
三、对符合条件并经洋浦港中转离境的集装箱货物，试行启运港退税政策。
四、允许海南进出岛航班加注保税航油。
第四，支持发展现代产业。
海南自由贸易港的发展，不以转口贸易和加工制造为重点，而是以发展旅游业、现代服务业、高新技术产业为主导。
产业结构的差异化定位，有利于海南和同处亚太区域的香港、新加坡等开展错位竞争、形成优势互补。
这方面有 4 项优惠政策：
一、举办中国国际消费品博览会，國家展会境外展品在展期内进口和销售享受免税政策。
二、继续执行离岛免税购物政策，将免税额度放宽至每年每人 10 万元，并扩大免税商品种类。
三、对在海南自由贸易港设立的旅游业、现代服务业、高新技术产业企业，其 2025 年前新增境外直接投资取得的所得，免征企业所得税。
四、对企业符合条件的资本性支出，允许在支出发生当期一次性税前扣除或加速折旧和摊销。