磁性分离方法基本只包括2个步骤：1. 用磁性纳米粒子标记目标分子或细胞；2. 通过磁分离装置分离出目标分子或细胞。利用磁性纳米粒子分离的例子之一是把特异性与磁性纳米粒子结合，可将磁性纳米粒子连接在特定细胞上，电感磁珠，外加磁场即可快速将结合磁性纳米粒子的细胞分离或进行分析。这样的方法特异性高、分离迅速、重现性好。又如，将葡萄糖-DEAE包裹在磁性纳米粒子表面，利用带正电荷的DEAE与带负电荷的核酸之间的电荷吸附作用，核酸磁珠，通过离子交换，磁珠价格，在细菌裂解上清中提纯质粒。
铁磁性材料有自发磁化强度，在无外加磁场时，也具有磁性。铁磁材料的磁畴结构决定磁对尺寸大小的依赖性。当铁磁材料的体积低于某个临界值时，即成为单磁畴。这个临界值与材料的本征属性有关，一般在几十纳米左右。颗粒的磁性来源于基于铁磁材料磁畴结构的尺寸效应。这个结论的假设是铁磁颗粒在具有低自由能的状态对小于某个临界值的颗粒有均匀的磁性，而对较大颗粒的磁性不均匀。前者较小颗粒称为单磁畴颗粒，后者较大的颗粒称为多磁畴颗粒。
磁性纳米粒子/磁性纳米颗粒（Magnetic Nanoparticles， MNPs）是近年来发展迅速且极具应用价值的新型材料，在现代科学的众多领域如生物、磁流体、催化作用、成像、数据储存和环境保护等得到越来越广泛的应用。
在科学家、工程师、化学家和物理学家的共同努力下，纳米技术使得生命科学和健康领域在分子和细胞水平上取得很大的进展。磁性纳米粒子是纳米级的颗粒，一般由铁、钴、镍等金属氧化物组成的磁性内核及包裹在磁性内核外的高分子聚合物/硅/羟基磷灰石壳层组成。常见的核层由具有超顺磁或铁磁性质的Fe3O4或γ-Fe2O3制成，具有磁导向性（靶向性），在外加磁场作用下，可实现定向移动，方便定位和与介质分离。常见的壳层由高分子聚合物组成，金华磁珠，壳层上偶联的活性基团可与多种生物分子结合，如蛋白质、酶、抗原、、核酸等，从而实现其功能化。因此磁性纳米粒子兼具磁性粒子和高分子粒子的特性，具备磁导向性、生物兼容性、小尺寸效应、表面效应、活性基团和一定的生物医学功能。
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