挖沟的方法根据地质、岩性、河流特性等条件选择，常用的是围堰挖沟、大型开沟犁挖沟、铰吸式或抓斗式挖泥船挖沟、成沟和水力冲沟等。
随着穿越工程的发展，各种挖泥船、水力冲沟机、大型开沟犁等施工机具和技术日臻完善。
（2）顶管或水平定向钻孔在河床下部直接将管子顶过河底或用倾斜的钻机采用定向钻进的方法，掘成一个下弯的弧形圆孔将管道从中牵引过去。
后一种方法多用于河床为均质粘土层的中小河流的管道穿越工程。
（3）容重:为防止管道浮起,通常在穿越河流的管道外壁浇注连续的混凝土覆盖层，或在复壁管环形空间内注入加重水泥浆。
前者节省钢材，后者施工时牵引力小。
水下管道容重的确定，主要与穿越地点水流速度有关。
（4）稳管:其方法有堆石坝、石笼；压马鞍型或半圆环型重力式混凝土锚定块；用扩展脚机械式锚杆等稳管方法。
在公元前200年的秦朝时期,在四川省修筑大型水利工程时，就曾有用石笼筑成堤坝防止水冲的做法。
在长江上游的管道穿越工程中,对难以开沟的卵石河床,也曾采用石笼稳管。
半圆环型重力式混凝土锚定块稳管用于河滩、沼泽和水流平缓的地点。
扩展脚机械式锚杆用于粘性土层河床。